یکی از کاربردهای مهم پرداخت الکترونیک می‌تواند صندوق صدقات الکترونیکی باشد. در نظر داشته باشید که وضعیت فعلی صندوق‌های مکانیکی صدقات، مکانی برای سرقت و تامین هزینه‌های قشر نامتعادل جامعه، نظیر معتادین و ... می‌باشد. مبالغی را که شهروندان برای کمک به مردم نیازمند به صندوق‌ها می‌ریزند، به مقصد خود نمی‌رسد.
در حالیکه چنانچه از صندوق‌های صدقات الکترونیکی استفاده شود، دیگر پول فیزیکی درون آنها قرار نداشته و کسی نمی‌تواند مبالغ آن را سرقت نماید. برای پرداخت صدقه، فرد نیکوکار می‌بایست عدد مورد نظر خود را انتخاب و با نزدیک کردن کارت خود به صورت اتوماتیک مبلغ مورد نظر از کارت وی کسر و به حساب کمیته امداد، واریز می‌گردد.
همچنین دستگاه مذکور، بعنوان دستگاه پذیرندگی در مساجد، قابلیت دریافت کلیه نذورات، کفاره، خمس، زکات و... را دارد و می تواند برخی محاسبات شرعی را نیز بدقت انجام دهد.